Exemple complet

Exemple fictif pédagogique : décrire les participants, comparer l'âge selon le groupe, puis tester l'association entre le groupe et un événement binaire. Les données sont volontairement très petites et ne permettent aucune conclusion médicale.

Dans les exemples ci-dessous, %>% transmet le résultat de gauche comme premier argument de la fonction qui suit. Ainsi, d %>% summarise(...) applique summarise() au tableau d.

library(dplyr)

d <- data.frame(
  id = 1:12,
  age = c(22, 35, 41, 29, 52, 46, 31, 27, 60, 38, 44, 33),
  groupe = factor(c("A","B","A","B","A","B","A","B","A","B","A","B")),
  evenement = c(0,1,0,0,1,1,0,0,1,0,1,0)
)

# 1. Vérifier la base
str(d)
summary(d)
colSums(is.na(d))

# 2. Décrire l'âge
d %>% summarise(
  n = n(),
  moyenne = mean(age),
  ecart_type = sd(age),
  mediane = median(age),
  q1 = quantile(age, 0.25),
  q3 = quantile(age, 0.75)
)

# 3. Décrire l'événement par groupe
table(d$groupe, d$evenement)
prop.table(table(d$groupe, d$evenement), margin = 1) * 100

# 4. Comparer les âges entre groupes
t.test(age ~ groupe, data = d)

# 5. Tester l'association groupe-événement
fisher.test(table(d$groupe, d$evenement))

# 6. Sauvegarder
write.csv(d, "donnees_analyse.csv", row.names = FALSE)

Attention : ne concluez jamais à l'efficacité d'un traitement à partir d'une simple association observationnelle. Décrivez l'estimation, sa précision et les limites du plan d'étude.

Avec 12 sujets, la puissance est très faible : un résultat non significatif ne prouve pas l'absence de différence.